மரகதலிங்கம் என்பது மரகதம் எனும் கனிமத்தால் செய்யப்பட்ட சிவலிங்கமாகும். இந்தச் சிவலிங்கம் மரகதத்தின் தன்மையால் பச்சை நிறமுடையதாக இருக்கிறது. இந்த மரகத லிங்கத்தினைத் தமிழகத்திலுள்ள எண்ணற்ற சிவாலயங்களில் பூசைக்காக வைத்துள்ளார்கள். இந்த லிங்கத்தில் பால் மற்றும் நீர் போன்றவற்றைக் கொண்டு அபிசேகம் செய்யும் போது நிறம் மாறுவதைப் பக்தர்கள் தெய்வச்செயல் என்கின்றனர்.
நவக்கிரகங்களில், புதனுக்கு உரிய மரகதத்தை, லிங்க வடிவில் வழிபடுவது சிறந்தது என்று புராணங்கள் கூறுகின்றன. சிலைகளும் சக்தி வாய்ந்ததாக இருக்க வேண்டும் என்பதற்காகச் சில மன்னர்கள் மரகதக்கல்லில் லிங்கத்தை வடிவமைத்தனர். மன்னர்கள் இந்த வகை லிங்கங்கள் கோவிலில் வைத்து வழிபடுவதையே சிறப்பு என்று கருதினார்கள். மரகத லிங்கத்தை வணங்குவதன் மூலம் சகல விதமான தோஷங்களில் இருந்தும் நிவர்த்தி பெற முடியும் என்பது குறிப்பிடத்தக்கது. கல்வி, ஆரோக்கியம், அரசருக்கு நெருக்கமான பதவிகளில் அமரும் யோகத்தை மரகதலிங்கம் தரக்கூடிய வல்லமை படைத்தது என்கிறார்கள். வணிகத்தில் வளர்ச்சி பெறவும் மரகதலிங்கத்தை வணங்கலாம் என்கின்றனர்.
இந்திரன் மூலம் முசுகுந்த சோழச்சக்ரவர்த்திக்குக் கிடைத்தாக சொல்லப்படும் ஏழு மரகதலிங்கங்களை இந்திரனே பூஜித்து வந்தார். முசுகுந்த சக்ரவர்த்தி 12 ஆம் நூற்றாண்டில் வேதாரண்யம், திருக்குவளை, திருக்கரவாசல், திருவாரூர், திருநள்ளாறு, நாகப்பட்டினம், திருவாயுமூர் ஆகிய ஏழு இடங்களில் உள்ள சிவன் கோவில்களுக்கு (சப்த விடங்க தலங்கள்) விலைமதிப்பில்லாத மரகதலிங்கங்களை மக்கள் வழிபாட்டிற்காக அமைத்துக் கொடுத்துள்ளார்.
இவை தவிர, செங்கல்பட்டு மாவட்டத்திலுள்ள திருஇடைச்சுரம் கோயிலில் சுயம்பு மரகதலிங்கமும், வேலூர் மாவட்டத்திலுள்ள சிறுகரும்பூர் சுந்தர காமாட்சி உடனுறை திரிபுராந்தக ஈஸ்வரர் கோயிலில் மரகதலிங்கமும், திருச்சி மாவட்டம் திருஈங்கோய்மலை மரகதாசலேசுவரர் கோவிலில் சிவலிங்கம், இராமநாதபுரம் மாவட்டத்திலுள்ள உத்திரகோசமங்கையிலுள்ள மங்களேசுவரி உடனுறை மங்களநாத சுவாமி கோவிலிலுள்ள நடராசர் சிலை, கர்நாடக மாநிலம், மைசூர் அருகிலுள்ள நஞ்சன்கூடு நஞ்சுண்டேஸ்வரர் கோவிலிலுள்ள மரகதலிங்கம் இருக்கின்றன என்பது குறிப்பிடத்தக்கது.
மரகதலிங்களுக்கு செய்யப்படும் பால் அபிஷேகம் மிகச்சிறந்த மருத்துவ சக்தியைக் கொண்டது. இரவில் மரகதலிங்களின் மேல் சாற்றி, காலையில் வழங்கப்படும் சந்தனமும் மிகச்சிறந்த மருத்துவ சக்தி வாய்ந்தது என்பது குறிப்பிடத்தக்கது.