நாக அரசர்களான சங்கன் சிவன் மீதும், பதுமன் திருமால் மீதும் பக்தி கொண்டிருந்தனர். இருவருக்கும் சிவன் பெரியவரா? திருமால் பெரியவரா? என்ற வாதம் எழுந்தது. தீர்ப்பு வேண்டி பார்வதியிடம் முறையிட்டனர். இருவரும் சம சக்தி கொண்டவர்களே என்பதை அவர்களுக்குத் தெரிவிக்க, இணைந்து காட்சி தரும்படி இறைவி தவமிருந்தாள். இதையடுத்து, இருவரும் சங்கரநாராயணராகக் காட்சி தந்தனர். பின்னர், சிவன், சங்கரலிங்கமாகவும் எழுந்தருளினார். நாகராஜாக்கள் இருவரும் சங்கரலிங்கத்தை வழிபட்டு வந்தனர். காலப்போக்கில் இந்த லிங்கத்தைப் புற்று மூடி விட்டது. நாகராஜாக்கள் அதனுள்ளேயே இருந்தனர். பக்தர் ஒருவர் இந்த புற்றை இடித்த போது, உள்ளிருந்த நாகத்தின் வாலை வெட்டிவிட்டார். ரத்தம் வெளிப்பட்டது. அதிர்ந்தவர் புற்றுக்குள் பார்த்தபோது லிங்கத்தைக் கண்டார். தகவல், பாண்டிய மன்னனுக்கு சென்றது. லிங்கம் இருந்த இடத்தில் அவன் கோயில் எழுப்பினான்.

இக்கோயிலில் சிவன், அம்பாள் சந்நிதிகளுக்கு நடுவில் சங்கரநாராயணர் சந்நிதி உள்ளது. சிவனுக்குரிய வலப்பாகத்தில் தலையில் கங்கை, பிறைச்சந்திரன், அக்னி, ஜடாமுடி, காதில் தாடங்கம், கையில் மழு, மார்பில் ருத்ராட்சம், இடுப்பில் புலித்தோல் ஆடை இருக்கிறது. திருவாசியில் நாக வடிவில் சங்கன் குடை பிடித்தபடி இருக்கிறான். திருமாலுக்குரிய இடப்பாகத்தில் நவமணி கிரீடம், காதில் மாணிக்க குண்டலம், மார்பில் துளசிமணி மற்றும் லட்சுமி மாலை, கையில் சங்கு, இடுப்பில் பீதாம்பரம் இருக்கிறது. இவர் பக்கமுள்ள திருவாசியில் நாகவடிவில் பதுமன் குடை பிடிக்கிறான். இந்த சந்நிதியில் காலை பூஜையில் துளசிதீர்த்தம் தரப்படும். மற்ற நேரங்களில் விபூதி தருவர். பூஜையின் போது வில்வம், துளசி மாலைகளை அணிவிக்கிறார்கள். சிவன் அபிஷேகப்பிரியர். திருமால் அலங்காரப்பிரியர். எனவே திருமாலுக்கு உகந்த வகையில் சங்கரநாராயணர் அலங்காரத்துடன் காட்சி தருகிறார். இவருக்கு அபிஷேகம் கிடையாது. இச்சந்நிதியில் ஸ்படிக லிங்கமாகக் காட்சி தரும் சந்திரமவுலீஸ்வரருக்கே அபிஷேகம் செய்யப்படும்.


சந்திரன் (மதி) போல அழகிய முகம் கொண்ட இறைவி, இங்கு தவம் புரிய வந்தபோது, தேவலோக மாதர்கள் பசுக்கள் வடிவில் அவளுடன் வந்தனர். எனவே இங்கு இறைவி கோமதி என்று பெயர் பெற்றாள். ஆவுடையாம்பிகை என்ற பெயரும் இவளுக்கு உண்டு. ஆ என்றால் பசு. பசுக்களாகிய உயிர்களை ஆள்பவள் என்ற பொருளில் இவ்வாறு சொல்வர். திங்கள் கிழமைகளில் இவளுக்கு மலர் பாவாடை, வெள்ளிக் கிழமையில் தங்கப்பாவாடை அணிவித்து அலங்காரம் செய்கின்றனர். இங்கு அம்பாள் சந்நிதி முன் மண்டபத்தில் நிறுவப்பட்டுள்ளது. இதை, ஆக்ஞா சக்கரம் என்கின்றனர். மனநோய், மனக்குழப்பம் உள்ளவர்கள் இந்தச் சக்கரத்தின் மேல் அமர்ந்தால், நோய் நிவர்த்தியாவதாக நம்பிக்கை.

சங்கரன்கோவில் பாம்புகள் வழிபட்ட கோயில் என்பதால் இங்கு புற்று இருக்கிறது. புற்று மண்தான் பிரதான பிரசாதம். நோயுள்ளவர்கள் இந்த மண்ணை நீரில் கரைத்து சாப்பிடுகின்றனர். மேலும் வீடுகளில் பூச்சி, பல்லி, வயல்களில் பாம்புத் தொல்லை இருந்தால் மூலவர் சங்கரலிங்கனாருக்கு வேண்டிக் கொண்டு, அந்தந்த பூச்சிகளின் உருவங்களை வாங்கி உண்டியலில் காணிக்கையாக அளித்தால் தொல்லை நீங்கும் என்பது நம்பிக்கை.


சங்கரன் கோயிலில் ஆடித் தபசுத் திருநாள் மிகச் சிறப்பாகக் கொண்டாடப்படுகிறது. இறைவியான பார்வதி தேவி, சிவ, விஷ்ணுவை சங்கரநாராயணராக வேண்டி, ஆடி மாதத்தில் தவமிருந்து இறைவனது காட்சியைப் பெற்ற நாள் ஆடித்தபசு திருநாள். சங்கரனும் நாராயணரும் ஒன்று என்று காட்டும் இத்திருநாள், சங்கரன் கோயிலில் ஆடித் தபசுத் திருவிழாவாக மிகச் சிறப்பாகக் கொண்டாடப்படுகிறது. சங்கரன் கோயிலில் நடைபெறும் ஆடித்தபசுத் திருநாள் விழா பன்னிரண்டு நாட்கள் நடக்கிறது. இவ்விழா, இறைவி பார்வதி தேவிக்கான முதன்மை விழா என்பதால், இங்கு கோமதியம்மாள் (பார்வதி தேவி) மட்டுமேத் தேரில் எழுந்தருளுவாள். கடைசி நாளில் அவள் தபசு மண்டபம் சென்று, கையில் விபூதிப்பையுடன் ஒரு கால் ஊன்றித் தவம் இருப்பாள். மாலையில் சங்கரநாராயணர் அவளுக்குக் காட்சி தருவார். அதன் பின்பு சங்கரலிங்க சுவாமி, யானை வாகனத்தில் சென்று அம்பாளுடன் இணைந்து கோயிலுக்குச் செல்வார். அப்போது, விவசாயிகள் விளைபொருட்களை அம்பாளுக்குக் காணிக்கையாகச் செலுத்துவர்.